Pastoralmente foram os Grupos de Rua, a Festas das Crianças, a visita do Santíssimo e a distribuição de lanches nas ruas nas noites de sextas feiras. De 25 de abril à 02 de maio de 1999 aconteceu a 1ª Semana Cavanis e em julho de 2000 dá-se início a outro marco da presença Cavanis, começa as atividades da Casa Clamor Cavanis "Irmão Aldo Menghi"

Em 19 de outubro de 2000 o pe. Giuseppe Vianni é eleito Provincial Cavanis e em 03 de fevereiro de 2001 o pe. James Dalalastra é empossado como novo pároco pelo pe. Konrad Körner, Vigário Episcopal da Região Brasilândia, permanecendo até dezembro de 2003. Em 2001 a Paróquia completou seu Jubileu de Ouro com celebrações, exposições de fotos, noite cultural também contou com a presença de antigos párocos que passaram pela Paróquia São José, foi neste ano que surge a PASCOM e o Informativo Paroquial. Neste período são realizadas reformas no salão paroquial, na cozinha, nos banheiros e na churrasqueira. Na igreja ocorre mudanças nos altares e o santíssimo agora ocupa o Altar-Mor. A Igreja também recebe um novo sistema de som, para-raios, e ventiladores. A Casa Paroquial tem seu telhado reformado.

Em fevereiro de 2004, o pe. Edemar de Souza chega a paróquia São José e em 14 de março ele é empossado novo pároco pelo bispo da Região Brasilândia, Dom José Benedito Simão pelo período de 6 anos. Durante este período ocorre muitas mudanças nas pastorais, surgimentos de novos movimentos e uma grande reforma em toda a igreja. Troca de piso, reforma de teto, construção de novas salas, construção da capela do santíssimo retirando da frente do altar-mor e o colocando em um lugar mais apropriado. Houve ainda a trocas dos bancos da igreja, a troca da iluminação e uma nova pintura interna e externa. No final deste período os paroquianos ainda veem a consagração de 3 novos padres nascidos na comunidade, o pe. Márcio, CSCh (Cavanis), o pe. Alex (diocesano) e o pe. Gilberto (diocesano).